Depois de promulgada a Constituição de 1988, que assegurou o direito à sindicalização, os docentes reunidos no II Congresso Extraordinário - realizado em novembro daquele ano no Rio de Janeiro - mantiveram-se coerentes com seu compromisso com o sindicalismo de base e deliberaram a transformação da ANDES (que até então tinha caráter de associação) no Sindicato Nacional dos Docentes das Instituições de Ensino Superior (ANDES-SN).  

Rompendo com a estrutura sindical vigente à época, que atrelava o sindicato ao Estado, o ato simbolizou a rejeição do Movimento Docente à compartimentalização e à imobilidade da categoria, e afirmou sua autonomia frente ao Estado, aos patrões e aos partidos políticos.

“A pauta desse Congresso é composta de um único ponto: decidir sobre a sindicalização dos docentes das IES. É a mais importante decisão que vamos tomar desde a criação da ANDES. (...) Avaliamos que este é o momento de transformar a ANDES em ANDES Sindicato Nacional. (...) A construção do sindicato que queremos impõe uma condição sine qua non. Acima das divergências políticas e dos pontos de vista diferentes, que possamos ter uma certeza que precisa se sobrepor a todos nós. Somos companheiros de luta. Nossa unidade é o maior valor a ser preservado. Nenhuma vitória nesse congresso será tão grande quanto o fortalecimento de nossa unidade”, afirmou Sadi Dal-Rosso, então presidente da ANDES, durante o II Congresso Extraordinário.

A garantia da democracia interna do Sindicato foi, desde sua origem, um dos temas mais caros à organização. A base, constituída pelos docentes filiados, foi emponderada com a criação das seções sindicais e das assembleias gerais, além dos Conselhos do ANDES-SN (CONADs) e dos Congressos, instâncias máximas de deliberação. A diretoria do ANDES-SN, eleita por voto direto e secreto, é desde então composta por 83 membros - incluindo seis representantes de cada uma das 12 Secretarias Regionais - com mandato de dois anos.